Sant Joan de les Abadesses ha sabut mantenir el seu passat medieval conservant moltes edificacions, carrers, muralles i fins i tot nomenclatura medieval.

​

El municipi de Sant Joan de les Abadesses (53,6 km2) limita al N per una petita franja amb Camprodon, al NE amb Sant Pau de Segúries, a l'E amb la Vall de Bianya (Garrotxa) i al SE amb Riudaura (Garrotxa). Al S confronta amb Vallfogona de Ripollès i d'aquí fins al SW amb Ripoll. Tota la part compresa entre el SW i el N limita amb Ogassa. Sant Joan de les Abadesses centra el sector de la vall del Ter limitada a NE per la confluència del torrent de Quatrecases amb el Ter i al SE per la confluència del torrent de Ribamala també amb el Ter.

​

Forma una típica vall dels Prepirineus de direcció NE-SW, estesa entre els vessants meridionals del Taga i de la Serra Cavallera, al N, i els vessants septentrionals de la serra de Puig Estela i el turó de Castelltallat, al SE. El terme de Sant Joan té un apèndix, a llevant del turó de Castelltallat, que s'endinsa cap a la comarca de la Garrotxa a la capçalera de la Vall de Bianya, on és situat el veïnat de Santa Llúcia de Puigmal.

​

És una vall gerda, coberta de pastures (que ocupen gradualment les coromines dels masos que es despoblen als vessants de la vall) i de boscs de pins, roures o faigs als llocs més alts.

El cap del municipi és la vila de Sant Joan de les Abadesses. El municipi comprèn, a més, dues colònies fabrils: la Colònia Llaudet i la Colònia Jordana. La resta del terme és disseminat.